В музее содержится 3700 оригинальных экспонатов. В том числе – нижняя челюсть кашалота, череп косатки, тазовые кости, позвонок и ребро кита финвала, южный морской котик, пингвины, альбатросы, рыба-удильщик, рыба-прилипало, раковины многих моллюсков, морские желуди.

Уникальная коллекция гельминтов морских млекопитающих. Собрана сотрудниками кафедры зоологии в разных акваториях земного шара, причем больше всего в наиболее труднодоступных регионах в Арктике и Антарктике.

Коллекция морских черепах (кожистая, зеленая или суповая, головастая, коретта, оливковая ридлея), а также слоновая, лучистая, дальневосточная, болотная и среднеазиатская.

Коллекция акул и скатов. Тропические океанические и некоторые другие рыбы, а также многочисленные морские животные привезены студентами-заочниками биологического факультета, плававшими на рыболовных судах.

Уникальные чучела – двух медведей, леопарда, льва, двух львиц, зебры, дикобраза, страуса, венценосного журавля, макаки. Эти животные после гибели приобретены сотрудниками музея в Симферопольском зоопарке.